У музейного причала стоял великолепный «Витязь», но в его внутренних помещениях работа только начиналась. Шаг за шагом, каюта за каютой, палуба за палубой стали вестись ремонтно-восстановительные работы, создавалась музейная экспозиция. Было приведено в экспозиционный вид машинное отделение, где можно узнать, как устроен двигатель фирмы «Крупп», как работают механизмы судна, пройти от тоннеля гребного вала до аварийного дизель-генератора в фальш-трубе.
В начале 1995 года сбылась еще одна мечта - «Витязь» продолжил свою научную жизнь, с его борта были проведены первые гидрометеорологические измерения, и с тех пор, ежедневно, с борта «Витязя» ученые Атлантического отделения Института океанологии им. П.П. Ширшова РАН измеряют направление и скорость ветра, прозрачность и уровень воды в реке, температуру и соленость. Оказывается, что место стоянки судна чрезвычайно удобно для прогноза затока соленых вод в Преголю.
В 1996 году наша страна отмечала 300-летие Российского Флота, и с этого времени набережная, на которой стоит судно, стала называться набережной Петра Великого. В том же году прошла I Международная конференция по истории отечественной океанологии, когда на «Витязе» собрались ученые пяти стран. В 1997 году выставкой «Искусство морской карты» на прогулочной палубе открылись исторические залы. На главной палубе был завершен ремонт гостевых кают, и теперь гости судна - ученые, художники, архитекторы и писатели - стали останавливаться на «Витязе». В октябре 1998 года на судне специалистами АО «Диамар Инжинеринг», имеющими признание Российского Речного Регистра, был произведен выборочный контроль остаточных толщин наружной обшивки судна. Замеры остаточных толщин проводились ультразвуковым толщимером. Результаты замеров показали хорошее состояние наружной обшивки.
В 1999 году широко отмечалось сразу 4 юбилея замечательного судна: 60 лет со дня постройки, 50 лет со дня выхода в первый научный рейс, 20 лет завершения экспедиционной жизни и прихода в Калининград и 5 лет постановки у музейного причала. В сентябре прошла II Международная конференция «История отечественной океанологии». Многие участники - ученые-витязяне - жили на родном судне, как бы вернувшись в молодость. К началу конференции на верхней палубе судна были открыты научные мемориальные лаборатории: эхолотная, рифологическая, геологическая, гидрологическая.
В настоящее время на судне смонтирована система осушения и противопожарная водяная система, оборудована сточно-фановая система, а также система вентиляции экспозиционных и служебных помещений. Выставочные залы оборудованы автономной системой кондиционирования.
А в 2000 году, когда музею исполнилось десять лет, на главной палубе «Витязя» открылся морской зал. В 2003 году в трюме № 2 была открыта экспозиция «Путешествие по морскому дну», предоставляется уникальная возможность познакомиться с работой подводных археологов, увидеть великого Жака Ива Кусто, почувствовать себя водолазом или подводным фотографом, отправиться на подводном аппарате «Мир» к «Титанику».
В 2006 году «Витязь» прошел доковый ремонт на Светловском судоремонтном заводе, и по оценкам специалистов, сможет простоять на плаву еще 10 лет. Сейчас практически все помещения и палубы «Витязя» открыты для посетителей. На главной палубе расположены салон команды, морской зал, библиотека, мемориальная жилая каюта, помещения гирокомпасной, буфетной, медицинского блока, вентиляторной и фонарной. На верхней палубе находятся кают-компания, курительный салон, каюты старшего помощника, старшего механика, камбуз, выставка «Челюсти», мемориальные научные лаборатории: бентосная, ихтиологическая, планктонная, рифологическая, гидрологическая, эхолотная и геологическая. На прогулочной палубе расположены каюты «Витязей»: Н.Н. Миклухо-Маклая, С.О. Макарова, начальника экспедиции НИС «Витязь» и нового «Витязя». На этой же палубе можно пройти в исторические залы, видеосалон, где открыта экспозиция «Россия открывает океан». На шлюпочной палубе находятся каюта капитана, штурманская и ходовая рубки, действующие лаборатория мониторинга и радиорубка. На палубах «Витязя» можно увидеть палубное и научное оборудование, познакомиться со спасательными средствами.
На «Витязе» постоянно открываются новые выставки и экспозиции, проводятся встречи, семинары, конференции, ведется постоянная ежедневная работа по организации безопасной стоянки судна и поддержанию его в образцовом виде.
Приходите на «Витязь», вдохните запах истории, аромат дальних странствий и почувствуйте тягу человека к Великому океану. Возьмитесь за поручни, которых касались Кусто и Хейердал; представьте себя в научной лаборатории открывателем максимальной глубины Мирового океана или нового вида рыб; да просто поднимитесь на капитанский мостик, закройте глаза, откройте лицо свежему ветру и воспарите над обыденной суетой, потому что ВЫ на «Витязе» - самом знаменитом научно-исследовательском судне XX века.