Удачное географическое положение нового замка Кёнигсберг, заложенного рыцарями Тевтонского Ордена в 1255 году, явилось причиной того, что вблизи него довольно быстро, в течение 70 лет, образовались три города: Альтштадт, Лёбенихт и Кнайпхоф. Вскоре все три города широко торговали с городами Литвы, Польши, Голландии, Дании, с Великим Новгородом. Естественные пути этой торговли пролегали по рекам, заливам и Балтийскому морю. Там, где проходила граница морского и речного судоходства, в месте слияния двух рукавов Прегеля, зародился кёнигсбергский порт. Сюда с востока спускались речные плоскодонные суда с товарами из Литвы, а с запада, из Балтийского моря, шли морские корабли. В этом районе и были построены в 1327 году первые ластадии - портовые склады (от латинского «ластадиум» - судовой балласт, т.е. место, где он выгружается с судна для погрузки полезного груза). По мере роста города рос и порт, причалы которого распространились вверх и вниз по реке.
В 1890 году началось строительство Кёнигсбергского морского канала. Это позволяло крупным судам, вплоть до океанских, проходить с Балтийского моря прямо к причалам кёнигсбергского порта. В 1921 году началось строительство нового кёнигсбергского порта, который стал одним из самых современных в мире.
Однако, не смотря на бурное развитие Кенигсберга как морского города, в нем до середины XVIII века не было собственной верфи. Имелось только устройство для подъема судов на берег и их последующего ремонта. Первое трехмачтовое судно было построено в середине XVIII века. В 1781 году было основано шесть верфей на южном берегу Прегеля и четыре - на северном. К началу XIX века на них строилось до 20 судов в год. В 1826 году была основана сталелитейная фабрика «Унион», которая в 1930 году вошла в состав судостроительной фирмы «Шихау».
До настоящего времени сохранилось большинство сооружений порта и значительная часть оборудования, которые и стали основой Калининградского морского и рыбного портов. На месте завода «Шихау» был организован Прибалтийский судостроительный завод «Янтарь», который ведет строительство, ремонт и модернизацию различных типов судов.