В основе коллекции — собрания калининградских коллекционеров-любителей, созданные в 70 ̶ 80-е гг. ХХ в. Коллекция расширялась за счет экспедиционных сборов в Атлантике и других районах Мирового океана, а также в Баренцевом, Японском, Охотском, Желтом, Карибском морях.

Собрание включает как хорошо изученные и известные коллекционерам семейства, так и  редко встречающиеся в коллекциях раковины эндемиков и представителей больших глубин. Так, любимое коллекционерами семейство ципрей  (Cypraeidae) представлено  более чем 200 видами и подвидами, и может похвастаться редкими представителями родов Umbilia и Zoila, культовыми раковинами Ципреи Фултона  и ципреи Бродерипа. В нашей коллекции имеется обширное собрание трубачей  (семейство Buccinidae) сопредельных морей России, вызывающее большой интерес у специалистов.

Коллекция двустворчатых моллюсков музея разнообразна, включает представителей 40 семейств. Украшением коллекции двустворчатых моллюсков является Гигантская тридакна, великолепное собрание спондилюсов  (Spondylidae), крупное собрание морских перьев (Pinnidae) и гребешков (Pectinidae).